Chủ tịch Hội học sinh liên bang mất tích một cách bí ẩn. Vô số vấn đề đã bắt đầu nổi lên khắp Kivotos khi thiếu sự lãnh đạo của người đứng đầu. Để tránh thảm họa, Hội học sinh liên bang yêu cầu sự hỗ trợ từ Câu lạc bộ Điều tra Liên bang, hay còn gọi là Schale. Trên thực tế, Schale là câu lạc bộ mới nhất của thành phố và là câu lạc bộ cuối cùng được phê duyệt trước khi tổng thống mất tích. Để hoàn thành nhiệm vụ của mình, Schale dựa vào sự hướng dẫn của một Sensei, người có thể giúp họ giải quyết các sự cố xung quanh Kivotos. (Học sinh được yêu cầu mang theo vũ khí cá nhân và điện thoại thông minh! Hãy trải nghiệm những tình tiết hành động gay cấn, tình yêu và tình bạn mà Blue Archive The Animation mang lại)